单位应收应付往来函证是审计业务的重要一环，鉴证业务大多涉及这项业务。一些小型单位往来事项不多，制发询证函相对容易些，但对一些大型企业，往来询证函达到成千上万笔，这时制发函证就是一个难题。特别是注协对函证制发的独立性、回函的真实性越来越高，对函证进行赋码防伪今后是制发函证的一项基本要求。
如何对成千上万的函证进行制发呢？一些大型事务所建立了函证中心并开发了函证软件，使函证工作变得快捷和规范。CPA登录软件创建函证制发项目，包括项目名称、人员构成、项目期间等等，项目创建完成后，开始函证制发，主要包括以下几个方面：一是基本信息的整理，将往来明细余额加计汇总数与总账数、报表数核对相符后，将需要函证的项目信息汇总形成工作明细表，并将相关信息导入函证系统生成的自定义询证函模板。二是完善询证函信息，包括审计基准日、审计目的、回函地址、邮编、联系电话、传真、联系人及函证事项，函证事项结论栏等等。三是将基本信息导入函证生成器，一次批量自动生成函证，再转换成PDF格式，并将这个包括所有函证的一个PDF文件拆分成以单个函证为一个文件夹的若干个PDF文件，并按函证编号规则统一进行重命名。四是将自定义询证函模板和分拆并重命名的PDF文件导入函证中心软件，系统对每个PDF函证进行赋码，将赋码后的函证下载至指定文件夹，就可以打印寄发了。
事务所建立函证中心，统一进行函证的制发和回收是函证工作的发展趋势，函证软件的开发节省了人力物力，也使函证制发更为规范，但建立函证中心花费往往达到上百万上千万，一些小型事务所不具备这样的条件，导致函证工作难以符合行业要求，必然在业务承接上受到限制，只能在夹缝里生存了。
